徐書華

發布者：王詩銘發布時間：2021-07-09瀏覽次數：508

教師基本信息

姓名：徐書華

職稱：特聘教授（二級）

職務：研究組長（PI）

電子郵箱：xushua@fudan.edu.cn

辦公地點：万博体育分 C611

辦公電話：021-31246617

個人網頁/課題組主頁：www.pog.fudan.edu.cn；www.picb.ac.cn/PGG/


個人簡介

徐書華，無黨派人士；2006年博士畢業於狗万外围充值 ，同年入職中科院-馬普學會計算生物學夥伴研究所，曆任助理研究員、副研究員、研究員；2009年建立群體基因組學研究組（PGG）；2012-2018年擔任德國馬普學會和中科院共同支持的青年科學家小組組長；2013年兼任上海科技大學特聘教授、入選首批萬人計劃青年拔尖人才；2015年任中科院特聘研究員（核心骨幹）、獲國家傑出青年基金；2016年入選上海市優秀學術帶頭人；2018年兼任中科院動物進化與遺傳前沿交叉卓越創新中心特聘研究員、入選科技部中青年科技創新領軍人才；2019年獲英國皇家學會牛頓高級訪問學者基金資助；2021年7月入職狗万外围充值 任特聘教授，建立人類群體組學實驗室（POG）。兼任中國遺傳學會理事、上海市遺傳學會常務理事、上海市人類學會理事；兼任多個SCI學術期刊編委如Molecular Genetics and Genomics共同主編、Scientific Reports、Human Genomics、Hereditas、BMC Genomic Data資深編輯（Senior Editor）。


研究方向

群體組學/人類遺傳/分子進化/生物信息學/計算生物學

發展和運用群體遺傳學方法和計算生物學手段，致力於研究人群遺傳結構、環境適應和微觀進化等方麵的科學問題；在Science, Cell,PNAS, Nature Genetics, Nature Communications, Genome Biology, The American Journal of Human Genetics, Nucleic Acids Research, Genome Research, Molecular Biology and Evolution等期刊共發表SCI收錄學術論文100多篇、被引用4600多次、單篇最高被引用570次以上。承擔國家自然基金委重大研究計劃集成項目、重點項目、麵上項目、新冠應急專項、中科院先導專項、上海市市級重大專項、科技部重點研發計劃等研究課題；曾獲中科院青年科學家獎、中科院院長獎（導師）、教育部自然科學一等獎、國家自然科學二等獎等。


學術任職

  • Molecular Genetics and Genomics(德國)(SCI收錄)，共同主編（2021.06～）

  • Frontier in Genetics(美國) (SCI收錄)，AssociateEditor（2021.05～）

  • BMC Genomic Data(英國)(SCI收錄)，資深編輯（Senior Editor）（2021.05～）

  • Journal of Genetics and Genomics(中國)(SCI收錄)，編委（2020.07～）

  • 中國遺傳學會，理事（2018.11～）

  • 中國婦幼保健協會精準醫學專業委員會，常務委員（2018.11～）

  • 深圳華大生命科學研究院，高級科學顧問（2018.04 –2020.04）

  • 《生命科學》，編委（2018.9～）

  • 中國生物化學與分子生物學會分子係統生物學專業委員會，委員（2017～）

  • 《Genes & Genetic Systems》(日本)，Associate Editor（2017～）

  • 狗万外围充值 教育部重點實驗室，學術委員會，委員（2017.12 – 2022.12）

  • 上海市遺傳學會，常務理事（2015.11～）

  • 《Hereditas》(英國)(SCI收錄)，編委（2015.10～）

  • 《BMC Genetics》(英國)(SCI收錄)，編委（Section Editor）（2014.07～）

  • 《Human Genomics》(英國)(SCI收錄)，編委（2014.01～）

  • 《Scientific Reports》(英國)(SCI收錄)，編委（2014.01～）

  • 《Molecular Genetics and Genomics》(德國)(SCI收錄)，編委（2013.01～）

  • 分子係統生物學專委會,委員（2013～）

  • 中國遺傳學會青年委員會，委員（2013～2018）

  • 上海科技大學，特聘教授（兼）（2012.10～）

  • 上海市人類學會，理事（2012.08～）

  • 上海市遺傳學會，理事（2011.08～）

  • 菲律賓國家基因組中心（PGC）學術顧問（2011.08-2016.07）

  • 馬來亞大學計算信息生物學研究中心（CRYSTAL）學術顧問（2009～2013）


榮譽與獎勵

  • Journal of Genetics and Genomics 2020年度優秀編委獎（2020）

  • 英國皇家學會—牛頓高級訪問學者（劍橋大學）（2019-2022）

  • 遺傳與發育協同創新中心2019年度“十大科技進展”（2020）

  • 2019年度中國生物信息學十大進展（2020）

  • 2019年度中國生物信息學十大數據庫（2020）

  • 入選科技部中青年科技創新領軍人才（2018）

  • 中科院院長獎（導師）（2018）

  • 教育部自然科學一等獎（第5完成人）（2018）

  • 入選上海市優秀學術帶頭人計劃（2016）

  • 入選“中國科學院特聘研究員” -- 特聘核心骨幹（2015）

  • 中國科學院青年創新促進會（首屆）“優秀會員”（2015）

  • 國家傑出青年科學基金 （2015）

  • 國家自然科學二等獎（第2完成人）（2015）

  • 中國科學院上海分院“青年五四獎章”（2015）

  • 上海市遺傳學會傑出貢獻獎（2015）

  • 中國科學院青年創新促進會2012-2013年度“優秀會員”（2013）

  • 入選國家“萬人計劃”第一批“青年拔尖人才”（2013）

  • 中科院青年科學家獎（2012）

  • 中科院上海生科院-美國禮來公司優秀畢業論文導師獎（2012）

  • 中科院上海分院第三屆傑出青年科技人才獎（2012）

  • 教育部自然科學獎（一等）（第2完成人）（2012）

  • 上海市科技啟明星（2011）

  • 全國百篇優秀博士學位論文（2011）

  • 入選首屆中國科學院青年創新促進會（2011）

  • 狗万外围充值 優秀博士學位論文（2010）

  • 上海市優秀博士學位論文（2009）

  • 法國賽諾菲-安萬特-上海生科院青年人才獎（2009）

  • 日本明治乳業生命科學獎（2009）

  • 中國科學院盧嘉錫青年人才獎（2009）

社會團體任職

 •第七屆上海中青年知識分子聯誼會，理事（2020.05～）

 •上海市少數民族聯合會第八屆理事會，理事（2020.12～）

 •上海市科技係統中青年知識分子聯誼會，理事（2019.01～）

 •無黨派人士，中共上海組織部（2018.05～）


代表性論著

  1. Xixian Ma#, Wenjun Yang#, Yang Gao, Yuwen Pan, Yan Lu, Hao Chen, Dongsheng Lu, Shuhua Xu*. Genetic origins and sex-biased admixture of the Huis. Molecular Biology and Evolution. 2021. Doi:10.1093/molbev/msab158.

  2. Lian Deng and Shuhua Xu*. Population Genomics of High-Altitude Adaptation (Book Chapter in Evolution of the Human Genome II, Book edited by Dr. Saitou, University of Tokyo, Japan), Springer, (ISBN 978-4-431-56902-2). 2021, Page: 67-100.

  3. Xinjun Zhang , Kelsey E Witt , Mayra M Bañuelos , Amy Ko , Kai Yuan , Shuhua Xu, Rasmus Nielsen, Emilia Huerta-Sanchez*. The history and evolution of the Denisovan-EPAS1 haplotype in Tibetans. PNAS. 2021, 118(22): e2020803118.

  4. Lan-Tao Gou, Yang Gao, Jun-Yan Kang, Xin Wang, Hao Chen, Min-Min Hua, Zheng Li, Dangsheng Li, Xiang-Dong Fu, Hui-Juan Shi*, Shuhua Xu* and Mo-Fang Liu*. Reply to Lack of evidence for a role of PIWIL1 variants in human male infertility. Cell. 2020. 184(8):1943-1944.

  5. Hao Chen#, Yan Lu#, Dongsheng Lu & Shuhua Xu*. Y-LineageTracker: a high-throughput analysis framework for Y-chromosomal next-generation sequencing data. BMC Bioinformatics. 2021. 22:114.

  6. Ziqing Pan and Shuhua Xu*. Population genomics of East Asian ethnic groups. Hereditas. 2020. 157:49.

  7. Yang Gao#, Chao Zhang#, Liyun Yuan#, YunChao Ling, Xiaoji Wang, Chang Liu, Yuwen Pan, Xiaoxi Zhang, Xixian Ma, Yuchen Wang, Yan Lu, Kai Yuan, Wei Ye, Jiaqiang Qian, Huidan Chang, Ruifang Cao, Xiao Yang, Ling Ma, Yuanhu Ju, Long Dai, Yuanyuan Tang, The Han100K Initiative, Guoqing Zhang, Shuhua Xu*.  PGG.Han: The Han Chinese Genome Database and Analysis Platform. Nucleic Acids Research. 2020, 48(D1):D971-D976.

  8. Ouzhuluobu, Yaoxi He, Haiyi Lou, Chaoying Cui, Lian Deng, Yang Gao, Wangshan Zheng, Yongbo Guo, Xiaoji Wang, Zhilin Ning, Jun Li, Bin Li, Caijuan Bai, Baimakangzhuo, Gonggalanzi, Dejiquzong, Bianba, Duojizhuoma, Shiming Liu, Tianyi Wu, Shuhua Xu*, Xuebin Qi*, Bing Su*. De novo assembly of a Tibetan genome and identification of novel structural variants associated with high altitude adaptation. National Science Review. 2020, 7(2):391-402.

  9. Chao Zhang#, Yang Gao#, Zhilin Ning#, Yan Lu#, Xiaoxi Zhang, Jiaojiao Liu, Bo Xie, Zhe Xue, Xiaoji Wang, Kai Yuan, Xueling Ge, Yuwen Pan, Chang Liu, Lei Tian, Yuchen Wang, Dongsheng Lu, Boon-Peng Hoh, Shuhua Xu*.  PGG.SNV: Understanding the evolutionary and medical implications of human single nucleotide variations in diverse populations. Genome Biology. 2019, 20:215.

  10. Lian Deng#, Chao Zhang#, Kai Yuan#, Yang Gao#, Yuwen Pan, Xueling Ge, Yaoxi He, Yuan Yuan, Yan Lu, Xiaoxi Zhang, Hao Chen, Haiyi Lou, Xiaoji Wang, Dongsheng Lu, Jiaojiao Liu, Lei Tian, Qidi Feng, Asifullah Khan, Yajun Yang, Zi-Bing Jin, Jian Yang, Fan Lu, Jia Qu, Longli Kang, Bing Su, Shuhua Xu*. Prioritizing natural selection signals from the deep-sequencing genomic data suggests multi-variant adaptation in Tibetan highlanders. National Science Review. 2019, 6(6):1201–1222.

  11. Xin Luo#, Yaoxi He#, Chao Zhang#, Xiechao He#, Lanzhen Yan#, Min Li, Ting Hu, Yan Hu, Jin Jiang, Xiaoyu Meng, Weizhi Ji, Xudong Zhao, Ping Zheng*, Shuhua Xu* & Bing Su*. Trio deep-sequencing does not reveal unexpected off-target and on-target mutations in Cas9-edited rhesus monkeys. Nature Communications. 2019, 10:5525.

  12. Chao Zhang#, Yang Gao#, Jiaojiao Liu, Zhe Xue, Yan Lu, Lian Deng, Lei Tian, Qidi Feng, Shuhua Xu*.  PGG.Population: a database for understanding the genomic diversity and genetic ancestry of human populations. Nucleic Acids Research. 2018, 46:D984–D993.

  13. Lei Tian, Asifullah Khan, Zhilin Ning, Kai Yuan, Chao Zhang, Haiyi Lou, Yuan Yuan, Shuhua Xu*. Genome-wide comparison of allele-specific gene expression between African and European populations. Human Molecular Genetics. 2018, 27(6):1067-1077.

  14. Chao Zhang#, Yan Lu#, Qidi Feng#, Xiaoji Wang#, Haiyi Lou, Jiaojiao Liu, Zhilin Ning, Kai Yuan, Yuchen Wang, Ying Zhou, Lian Deng, Lijun Liu, Yajun Yang, Shilin Li, Lifeng Ma, Zhiying Zhang, Li Jin, Bing Su, Longli Kang, Shuhua Xu*. Differentiated demographic histories and local adaptations between Sherpas and Tibetans. Genome Biology.2017, 18:115.

  15. Qidi Feng#, Yan Lu#, Xumin Ni#, Kai Yuan#, Yajun Yang#, Xiong Yang, Chang Liu, Haiyi Lou, Zhilin Ning, Yuchen Wang, Dongsheng Lu, Chao Zhang, Ying Zhou, Meng Shi, Lei Tian, Xiaoji Wang, Xi Zhang, Jing Li, Asifullah Khan, Yaqun Guan, Kun Tang*, Sijia Wang*, Shuhua Xu*. Genetic history of Xinjiang’s Uyghurs suggests Bronze Age multiple-way contacts in Eurasia. Molecular Biology and Evolution.2017, 34:2572-2582.

  16. Dongsheng Lu, Haiyi Lou, Kai Yuan, Xiaoji Wang, Yuchen Wang, Chao Zhang, Yan Lu, Xiong Yang, Lian Deng, Ying Zhou, Qidi Feng, Ya Hu, Qiliang Ding, Yajun Yang, Shilin Li, Li Jin, Yaqun Guan, Bing Su, Longli Kang, and Shuhua Xu*. Ancestral Origins and Genetic History of Tibetan Highlanders. American Journal of Human Genetics.2016, 99:580-594.

  17. Haiyi Lou, Yan Lu, Dongsheng Lu, Ruiqing Fu, Xiaoji Wang, Qidi Feng, Sijie Wu, Yajun Yang, Shilin Li, Longli Kang, Yaqun Guan, Boon-Peng Hoh, Yeun-Jun Chung, Li Jin, Bing Su, Shuhua Xu*.A 3.4-kb Copy-Number Deletion nearEPAS1Is Significantly Enriched in High-Altitude Tibetans but Absent from the Denisovan Sequence.American Journal of Human Genetics.2015, 97(1):54-66.

  18. Wenfei Jin, Sijia Wang, Haifeng Wang, Li Jin, Shuhua Xu*. Exploring Population Admixture Dynamics Using Empirical and Simulated Genome-Wide Distribution of Ancestral Chromosomal Segments. American Journal of Human Genetics.2012,91:849-862.

  19. Shuhua Xu*, Wenfei Jin. Population Genetics in the Genomic Era (Book Chapter in Population Genetics, Book edited by Dr. Stuart Raleigh, University of Northampton, UK), InTech, Rijeka, Croatia (ISBN 979-953-307-446-6). 2012, Page: 137-168.

  20. Wenfei Jin, Pengfei Qin, Haiyi Lou, Li Jin*, Shuhua Xu*. A Systematic Characterization of Genes Underlying both Complex and Mendelian Diseases. Human Molecular Genetics.2012,21(7):1611-1624.

  21. Shuhua Xu*. Human Population Admixture in Asia. Genomics & Informatics. 2012, 10(2):133-144.

  22. Shuhua Xu*, Shilin Li, Yajun Yang, Jingze Tan, Haiyi Lou, Wenfei Jin, Ling Yang, Xuedong Pan, Jiucun Wang, Yiping Shen, Bailin Wu, Hongyan Wang, Li Jin*. A Genome-Wide Search for Signals of High Altitude Adaptation in Tibetans. Molecular Biology and Evolution. 2011, 28:1003-1011.

  23. Shuhua Xu*, Sanchit Guputa and Li Jin*. PEAS V1.0: A Package for Elementary Analysis of SNP Data. Molecular Ecology Resources. 2010, 10:1085-1088.

  24. The HUGO Pan-Asian SNP Consortium (Li Jin*, Edison T. Liu*, Mark Seielstad*, Shuhua Xu*; 93 authors from 10 countries).Mapping Genetic Diversity in Asia. Science. 2009, 326:1541-1545.


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