Nucleic Acids Res | 曹誌偉團隊發布代謝物介導的細胞通訊數據庫MACC

發布者:武堅堅發布時間:2023-11-06瀏覽次數:12

細胞間通訊在維持正常生物功能、協調細胞器官和生理係統之間起著至關重要的作用。典型的細胞通訊介質通常包括受體配體係統,以及代謝產物。代謝物通過物質交換(如滲透、轉運和細胞外囊泡)與細胞相互作用,在微環境、腫瘤浸潤和免疫療法等熱點研究領域中扮演關鍵作用。盡管已經有多個知名數據庫提供了受體-配體介導的細胞相互作用信息,如CellTalkDBCellPhoneDBCellChat等,目前還沒有關於代謝物介導的細胞通訊的知識庫。為了填補這一空白,万博英超狼队网官方网 曹誌偉教授團隊聯合同濟大學唐凱臨副教授團隊,合作開發了首個代謝物介導的細胞-細胞間通訊知識庫MACC

1代謝物介導的細胞通訊示意圖


MACC 1.0聚焦於人類內源性代謝物,基於文獻挖掘算法篩選了約150萬篇與代謝物相關的研究論文,經多輪人工校驗後整合為高質量代謝物介導的細胞相互作用,收錄了細胞間通過代謝物的分泌和吸收進行遠程通訊的信息,以及由此對靶細胞產生的下遊生物功能注釋。MACC作為配體-受體介導的細胞間相互作用關係的有力補充,為解析細胞間通訊提供新的視角。知識庫在線鏈接:http://macc.badd-cao.net/

MACC 1.0包含以下資源:

14206對高質量的代謝物相關細胞通訊,涵蓋244種人類內源性代謝物和已報道的生物學效應;

2226種細胞亞型和296種疾病狀態,如癌症、自身免疫性疾病和病原體感染等;

34508種代謝物直接相關的酶和轉運蛋白;

41500個單細胞數據集中計算得出的代謝物相關基因的表達圖譜,以輔助研究者推斷不同疾病/組織樣本中不同細胞類型間的代謝物通路變化;

5此外,MACC還提供了一個交互式分析/繪圖工具CMC-Plot,用於可視化多種代謝物-細胞相互作用網絡,便於研究者從龐雜的代謝物-細胞互作網絡中梳理關鍵信息。


2 MACC首頁及繪製的細胞-代謝物相互作用網絡


該工作於20231028日發表在國際知名學術期刊Nucleic Acids Research,題為MACC: a visual interactive knowledgebase of metabolite-associated cell communications狗万外围充值 -上海國際人類表型組研究院聯合培養博士後高健與同濟大學博士生莫賽峰為該論文的共同第一作者,狗万外围充值 曹誌偉教授和同濟大學唐凱臨副教授為該論文的共同通訊作者。該工作得到了國家自然科學基金與科技部重點研發計劃的資金支持。


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