教師基本信息
姓名：曹誌偉
職稱：特聘教授（二級）
職務：研究組長（PI）
電子郵箱：zwcao@fudan.edu.cn
辦公地點：万博体育分 G619
個人網頁/課題組主頁：http://www.badd-cao.net/
個人簡介
本科畢業於南開大學，碩士畢業於南京大學，博士畢業於新加坡國立大學。上海浦江人才、曙光學者，教育部新世紀優秀人才。先後任職上海生物信息技術研究中心與同濟大學生命科學與技術學院，創建同濟生物信息係。任中華中醫藥學會中醫藥信息分會副主委，世中聯中藥係統科學與工程專委會副會長，上海中西醫結合學會係統醫學專業委員會副主任、上海生物信息學會理事等，2020-至今兼任 journal of cellular Biochemistry 執行主編。擔任科技部2021-2025 科技部“BT-IT融合”重點專項指南編製專家、實施方案論證專家，2021-2035國家中長期科技發展規劃生物信息子領域執筆人。
研究方向
生物信息學/計算生物學/創新藥物智能設計/計算機輔助疫苗設計
研究聚焦於抗體設計與多組分協同用藥的計算模型，建立了抗原表位預測-免疫交叉反應計算-抗體虛擬篩選平台，並在國際上率先建立了“複方-中藥-成分-代謝-靶點”數據資源共享平台，研發了分子靶點發現與多成分協同藥效預測模型，實現了中藥作用機製自動解析。主持國家重點研發計劃、精準醫學、973、863、傳染病重大專項和自然科學基金以及上海市項目十餘項；發表Nature，Nature Communications, Nucleic acids research, Molecular Biology & Evolution 等SCI文章120多篇。
國家級科研項目：
A 抗體/疫苗方向
全合成 mRNA 惡性腫瘤治療性疫苗的設計與構建及轉化研究（國家重點研發）
基於生物信息學的抗原抗體分子識別與係統模擬（科技部973）
抗體結構功能的生物信息學研究（科技部973）
突發傳染病中和抗體分子的快速計算設計研究（自然基金麵上）
甲型H3N2流感病毒抗原蛋白HA抗原性漂移的生物信息學研究（自然基金麵上）
IgG抗體成熟模式的生物信息學研究（自然基金麵上）
B中醫藥組學方向
中藥複方配伍理論的計算模擬與係統分析（國家重點研發）
中國重大疾病與罕見病臨床與生命組學數據庫（國家重點研發）
基於轉化醫學的艾滋病、病毒性肝炎、結核的中醫證候生物學研究（傳染病重大專項）
病毒性肝炎證候生物學基礎研究平台的建立（傳染病重大專項）
中藥作用機理的生物信息學分析策略與相應係統構建（科技部863）
人肝髒蛋白質組生物信息學研究：蛋白相互作用（科技部863）
蛋白質－蛋白質相互作用研究(科技部973)
人肝蛋白組學蛋白－蛋白相互作用數據庫與生物信息學研究(科技部攻關計劃)
代表性論文：
1. Deyu Yan#, Genhui Zheng#,Caicui Wang, Zikun Chen, Tiantian Mao, Jian Gao, Yu Yan, Xiangyi Chen, Xuejie Ji, Jinyu Yu, Saifeng Mo, Haonan Wen, Wenhao Han, Mengdi Zhou, Yuan Wang, Jun Wang, Kailin Tang*,Zhiwei Cao*, HIT 2.0: an enhanced platform for Herbal Ingredients' Targets, Nucl. Acids Res.2022 Jan 7;50(D1):D1238-D1243.
2. Tang, KaiLin, Ji, XueJie; Zhou, MengDi; Deng, ZeLiang; Huang, YuWei; Zheng, GenHui; Cao, Zhiwei* Rank-in: Enabling integrative analysis across microarray and RNA-seq for cancer Nucleic Acids Res. 2021 Jul 2;gkab554. doi: 10.1093/nar/gkab554.
3. Yiyan Yang#, Chuanlun Zhang#*, Timothy M. Lenton,, Xinmiao Yan, Maoyan Zhu ,Mengdi Zhou,Jianchang Tao,Tommy J. Phelps, Zhiwei Cao* The evolution pathway of ammonia-oxidizing archaea shaped by major geological events.Molecular Biology & Evolution, 2021 May 16;doi: 10.1093/molbev/msab129.
4. Zhou Chen#; Chen Zikun#; Zhang Lu; Yan DeYu; Mao Tian; Tang Kailin; Qiu Tianyi*;Cao Zhiwei*, SEPPA 3.0-enhanced spatial epitope prediction enabling glycoprotein antigens.Nucleic Acids Res. 2019 Jul 2;47(W1):W388-W394.
5. Qiu Tianyi# ; Yang Yiyan# ; Qiu Jingxuan ; Huang Yang; Xu Tianlei; Xiao Han; Wu Dingfeng; Zhang Qingchen; Zhou Chen; Zhang Xiaoyan; Tang Kailin;Xu Jianqing*;Cao Zhiwei*, CE-BLAST: Making it possible to compute antigenic similarity for newly emerging pathogens,Nature Communications2018 May 2;9(1):1772.
6. Sun Y, Sheng Z, Ma C, Tang K, Zhu R, Wu Z, Shen R, Feng J, Wu D, Huang D, Huang D, Fei J*, Liu Q*, Cao ZW*，Combining genomic and network characteristics for extended capability in predicting synergistic drugs for cancer, Nature Communications, 2015, Sep 28;6:8481.
7. Hao Ye, Li Ye,Hong Kang,Duanfeng Zhang,Lin Tao,Kailin Tang, Xueping Liu,Ruixin Zhu,Qi Liu, Y. Z. Chen, Yixue Li* andZhiwei Cao*, HIT: linking herbal active ingredients to targets,Nucl. Acids Res. 2011 Jan;39:D1055-9.
8. Qi Tao#, Qiu T#, Zhang Q, Tang K, Fan Y, Qiu J, Wu D, Zhang W, Chen Y, Gao J, Zhu R*, Cao ZW*. SEPPA 2.0--more refined server to predict spatial epitope considering species of immune host and subcellular localization of protein antigen. Nucleic Acids Res. 2014 Jul;42:W59-63.
9. Sun J, Wu D, Xu T, Wang X, Xu X, Tao L, Li YX*,Cao ZW*. SEPPA: a computational server for spatial epitope prediction of protein antigens.Nucleic Acids Res. 2009 Jul 1;37:W612-6. Epub 2009 May 22.