石樂明

發布者：王詩銘發布時間：2021-07-22瀏覽次數：452

教師基本信息：

姓名：石樂明

職稱：教授

電子郵箱：lemingshi@fudan.edu.cn

辦公地點：D610

辦公電話：021-51630597

個人網頁/課題組主頁：pgx.fudan.edu.cn


個人簡介：

石樂明，男，1964年出生，湖南益陽人。2011年加入狗万外围充值 ，現任万博体育分 、人類表型組研究院和附屬腫瘤醫院教授。國家重點研發計劃“戰略性國際科技創新合作”重點專項項目首席科學家(2019)、獲4項美國專利授權、中國專利金獎(2017，第4完成人)；發表論文200餘篇(含15篇Nature Biotechnology)，SCI他引13,000多次，h-index=55，編著《大數據與精準醫學》一書(2017)；共同創立國際MAQC組學大數據質量控製學會，擔任其首任主席(2017-2018)、首任首席科學官和董事。

畢業於湖南大學(1985，學士，分析化學)、中國科學技術大學(1988，碩士，計算化學)和中國科學院過程工程研究所(1991，博士，計算化學)，後留所任助研(1991)和副研(1993)。1994-1997年於美國凱斯西儲大學和NIH/NCI 從事博士後研究，1997-2001年在美國FDA、Wyeth和BASF任職。

2001年參與創辦深圳微芯生物，建立基於化學基因組學的藥物研發平台，開發的多個化合物在中國、日本和美國進入臨床試驗，其中1.1類原創新藥西達本胺被中國FDA批準用於治療T細胞淋巴瘤(2014)和乳腺癌(2019)；微芯生物於2019年在上海科創板上市。

2003年重新加入美國FDA，發起基因芯片和新一代測序質量控製和標準化國際聯盟MAQC/SEQC，Nature Biotechnology於2006、2010和2014年以3個專輯出版其成果，並將於2021年出版第4個專輯，以多篇文章介紹腫瘤基因組測序質量控製和標準化的研究成果。其工作為國際MAQC組學大數據質量控製學會(www.maqcsociety.org)的成立奠定了基礎，旨在提高多組學高通量技術的可重複性，為精準醫學保駕護航(Shi L et al., Nature Biotechnology 2017)。


研究方向：

研究方向為化學基因組學、藥物基因組學、精準醫學、醫學大數據、生物信息學和化學信息學等，通過確保多組學數據產生、分析和解讀的可重複性和可靠性，挖掘與疾病預防、診斷和治療相關的生物標誌物(如三陰乳腺癌的精準分子分型和精準治療，Jiang YZ et al., Cancer Cell 2019)，提高新藥研發成功率和藥物臨床使用有效率。



招生專業：

生物信息學、醫學遺傳學


代表性論文和論著：

  1. Xiao W#*, Ren L#, …, Wang C*, Shi L*. Towards best practice in cancer mutation detection with whole-genome and whole-exome sequencing. Nature Biotechnology, 39, in press (2021)

  2. Fang LT#, Zhu B#, Zhao Y#, …, Hong H*, Shi L*, Wang C*, Xiao W*. Establishing community reference samples, data and call sets for benchmarking cancer mutation detection using whole-genome sequencing. Nature Biotechnology, 39, in press (2021)

  3. Jiang YZ#, Ma D#, Suo C#, Shi J#, Xue M#, Hu X#, …, Wang P*, Shi L*, Huang W*, Shao ZM*. Genomic and transcriptomic landscape of triple-negative breast cancers: subtypes and treatment strategies. Cancer Cell, 35(3), 428-440 (2019). (ESI highly cited paper)

  4. Shi L, …, Tong W. The international MAQC Society launches to enhance reproducibility of high-throughput technologies.Nature Biotechnology, 35(12), 1127-1128 (2017)

  5. Peifer M#, Hertwig F#, Roels F#, Dreidax D#, Gartlgruber M#, …, Shi L, …, Westermann F*, Thomas RK*, Fischer M*. Telomerase activation by genomic rearrangements in high-risk neuroblastoma. Nature, 526(7575), 700-704 (2015). (ESI highly cited paper)

  6. Su Z#, Łabaj PP#, Li S#, …, Kreil DP*, Mason CE*, Shi L*. A comprehensive assessment of RNA-seq accuracy, reproducibility and information content by the Sequence Quality Control consortium. Nature Biotechnology, 32(9), 903-914 (2014). (ESI highly cited paper)

  7. Shi L#*, …, Wolfinger RD. The MicroArray Quality Control (MAQC)-II study of common practices for the development and validation of microarray-based predictive models. Nature Biotechnology, 28(8), 827-838 (2010). (ESI highly cited paper)

  8. Tong W, …, Shi L. Evaluation of external RNA controls for the assessment of microarray performance. Nature Biotechnology, 24(9), 1132-1139 (2006)

  9. Guo L#*, …, Shi L*. Rat toxicogenomic study reveals analytical consistency across microarray platforms. Nature Biotechnology, 24(9), 1162-1169 (2006)

  10. Shi L#*, …, Slikker W, Jr. The MicroArray Quality Control (MAQC) project shows inter- and intraplatform reproducibility of gene expression measurements. Nature Biotechnology, 24(9), 1151-1161 (2006). (Cited 1565 times; featured by Cell, Nature, and Science)

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